1 安全观念与质量意识匮乏
在任何项目工程中，质量问题都是关键中的关键。工程质量直接决定并控制着项目的后期使用，与项目建设的安全息息相关。但是，在水利工程项目建设中，有相当数量的管理人员和施工人员安全观念、质量意识极其薄弱，片面追求工程的数量和进度，对质量问题睁一只眼闭一只眼，不遵守工程施工的规章制度，致使各种豆腐渣工程屡禁不止、安全事故层出不穷。

2 工程监管、控制力度不到位
水利工程施工过程中缺乏严格的工程监管和控制力度，尽管国家规定当水利工程达到一定规模时都必须实行监理制，但实际上监理水平严重不到位，监理人员的监管水平有限。缺乏完善健全、切实可行的工程管理法规制度和监管手段，后期质量测评与评估工作不能及时跟进，导致施工单位在工程施工时有机可乘。

3 工程管理人员自身管理水平有待提升
影响水利工程管理的另一个客观因素是管理人员自身素质和管理能力不尽人意。管理人员缺乏专业扎实的业务能力和丰富的现场指导经验，不能对工程成本、质量、工期实施严格的监管和把握，阻碍了水利工程的正常安全施工。

4 施工现场无序、管理混乱 水利工程现场管理质量的好坏和水平的高低对项目工程能否继续进行起着至关重要的作用。但很多水利工程在现场管理中，缺乏科学的理论指导和严格的政策监督，导致现场施工无序、管理场面混乱。

5 工程资金管理不健全
作为一项与国民经济和社会进步息息相关的基础性工程，水利工程的开展、建设需要涉及大量的资金和资源，要想保障水利工程的顺利竣工，必须对工程资金进行科学管理和掌控。但是在实际工程建设中，资金来源和资金筹集缺乏政策背景和政策依据，导致自筹资金落实难度加大、资金到位失衡，甚至由上而下的资金拨款遭遇层层扒皮，严重的影响了水利工程建设的质量和进度。

6 成本管理体制不健全
很多水利工程项目成本管理体制没有实现责任、权利、义务的三者结合，各部门预算、结算人员责任落实不到位，缺乏与利益分配相挂钩的激励管理体制，成本管理体系不健全。甚至很多成本管理人员缺乏强烈的成本管理意识、法律意识、岗位责任意识、合同意识等经济观念。
水利工程项目成本管理是一个涉及各个部门、各个系统的复杂性工程，成本管理水平的提高和成本管理目标的实现，需要相关各个部门、各个系统的密切配合与协调沟通。任何一个部门、系统或环节上出现差错，都有可能为整体工程带来事倍功半、功亏一篑的后果。因此，只有以先进科学的管理手段和管理模式作为力量支持，才能够保证出色圆满的完成这项复杂的工程。但是，纵观我国目前水利工程项目成本管理，我们不难发现成本管理手段滞后、各个子项目之间配合协调不足、计算机应用技术未能全面普及、计算机对项目成本的管理仅仅停留在成本预算环节，滞后不前的管理手段严重影响了成本管理水平的完善与提高。